南歐大戟葉綠體基因組密碼子偏好性分析

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摘要：為了揭示南歐大戟葉綠體基因組密碼子使用偏性及形成原因，以南歐大戟葉綠體基因組中長度大于300 bp的非重復蛋白質編碼序列為研究對象，利用Codon W 1.4.1、CUSP在線程序等生物信息學分析工具對其密碼子偏性及使用模式進行分析。結果表明，南歐大戟葉綠體基因組密碼子中相對同義密碼子使用度>1的有31個，其中以 A/U 結尾的占71%，表明其偏好使用以A/U結尾的密碼子；有效密碼子數(shù)均值為46.74，說明密碼子使用的偏好性較弱；GC1與GC2呈極顯著相關，GC3與GC2、GC1無顯著相關性，表明密碼子第3位堿基與其他位置堿基的組成有差異；此外，ENC與GC3呈極顯著相關，說明密碼子末尾堿基組成在一定程度上會影響密碼子使用偏好性。（剩余9800字）